La historia transcurre en un Japón futurista, en la ciudad de Megasaki, donde, tras una epidemia que amenaza con expandirse a los humanos, las autoridades deciden desterrar a todos los perros a una isla de basura. La decisión política se legitima en nombre de la salud pública, pero rápidamente se entrelazan intereses de la ciencia, la corrupción y la yakuza, la mafia japonesa.