La animación que porta La princesa Mononoke está a la par de todos los trabajos concernientes a Miyazaki. Es decir, es vivaz y colorida, contiene diseños estupendos y el estilismo de los personajes es único. El autor utiliza la animación como medio para representar un mundo en el que los seres humanos, en su afán de progreso, comienzan a destruir los bosques para expandir sus ciudades y fortalecer su poder. Este avance desmedido provoca la ira de los espíritus del bosque, quienes simbolizan el equilibrio de la naturaleza. El enfrentamiento entre ambos mundos no se presenta de manera simplista, ya que el director evita las oposiciones tradicionales entre “buenos” y “malos”. Por el contrario, muestra personajes complejos, movidos por intereses, miedos y heridas, lo que otorga profundidad ética y emocional al conflicto. 

El eje temático principal gira en torno al cuidado del medio ambiente y la crítica a la explotación indiscriminada de los recursos naturales. La deforestación, la contaminación y la pérdida de los ecosistemas aparecen reflejadas metafóricamente en la destrucción del bosque, que en la película adquiere una presencia casi humana. La naturaleza se muestra como un ser vivo que sufre, se defiende y busca restablecer el equilibrio perdido. De esta forma, el film invita a reflexionar sobre la responsabilidad humana frente a la degradación del entorno y las consecuencias de un desarrollo que ignora los límites ecológicos.